Лаборатория экологии и биотехнологии создана в соответствии с решением ученого совета института в 2005 году. В составе лаборатории работают 7 научных сотрудников, 2 лаборанта, студенты факультета биологии, активно занимающиеся исследовательской работой по экологии и биотехнологии.

Основная цель создания лаборатории - необходимость в разработке инновацигнных проектов по актуальным проблемам экологии и биотехнологии в рамках реализации подпрограмм "Развитие научно-инновационно-производственной деятельности" и "Образование" Программы развития г. Мичуринска как наукограда РФ на 2003-2010 гг., а также решение образовательных задач в области прикладной экологии и биотехнологии, в т.ч. обучение студентов основам исследовательской и инновационной деятельности.

В настоящее время в лаборатории ведутся фундаментальные исследования (мониторинг за природными и антропогенными сообществами) совместно с Межрайонным центром по экологии, кафедрой зоологии и экологии, кафедрой биологии и основ сельского хозяйства - по тематическому плану Министерства образования и науки РФ на 2005-2010 гг. по теме "Биоразнообразие животных антропогенно-трансформированных  территорий".

Выделено несколько прикладных направлений исследований: изучение микробного состава почв Тамбовской области с целью определения пригодности почв различных групп для получения экологически безопасной органической продукции; исследования по экологии и микробиологической биотехнологии (получен микробный консорциум, обладающий высокой азотофиксирующей способностью, способ его получения заявлен в Комитет по изобретениям РФ).

Проведены патентные исследования и ведется НИР по двум направлениям микробиологической биотехнологии: создание ассоциаций микробов-деструкторов, участвующих в разрушении бытовых отходов; создание комплексов микробов-активаторов.

Лаборатория ведет большую образовательную работу. На ее базе осуществляется подготовка студентов, углубленно работающих по отедльным научным направлениям в области экологии, экологической и микробиологической биотехнологии. Студенты, проводившие в лаборатории свои научные исследования, в настоящее время успешно обучаются в Лаборатория принимает активное участие в проведении преподавательских, студенческих научных конференций.