Научно-исследовательская деятельность МГПИ является неотъемлемой частью научного потенциала города и региона.
МГПИ является единственным педагогическим вузом в Тамбовской области, в котором исследовательская работа ориентирована на поиск новых концептуальных подходов в области высшего образования, в том числе для сельских малокомплектных и малочисленных школ.
Преподаватели института, объединяясь во временные творческие коллективы (лаборатории эколого-педагогических проблем, социальной психологии, проблем сельской малочисленной и малокомплектной школы, проблем российских деревень), принимают участие в различных программах:
международного уровня: в проекте ЮНЕСКО «Культура мира: Россия + Европа»,
в международном проекте «Гнездящиеся кулики Европы»,
в работе Международной академии наук педагогического образования;
федерального уровня:
- работе научного и культурно-просветительского общества «Энциклопедия российских деревень»,
- участие в реализации государственной программы «Здоровье России»,
- вступление в Ассоциацию развития педагогических университетов и институтов;
регионального уровня:- разработка Программы развития системы непрерывного педагогического образования в Тамбовской области по заказу Управления образования и науки Тамбовской области,
- разработка и реализация Программы экологического образования населения Тамбовской области,
- мониторинговые исследования природных и антропогенных сообществ с созданием кадастров растений и животных (создание и выпуск «Красной книги Тамбовской области»).
Мичуринский государственный педагогический институт успешно движется по пути интеграции в современное образовательное пространство. МГПИ является коллективным членом МАНПО, вступил в Российское общество преподавателей русского языка (РОПРЯЛ). Аспиратура института ведет подготовку кандидатов наук по двум отраслям (4 специальности), в том числе: биологические (03.00.12 – Физиология и биохимия растений, 03.00.15 – Генетика), филологические (10.01.01 – Русская литература, 10.02.01 – Русский язык). По каждой специальности разработана и реализуется основная образовательная программа послевузовского профессионального образования, ориентированная на Временные требования к основным образовательным программам послевузовского профессионального образования по отраслям наук.За период с 2004 по 2008 гг. выпущено 27 аспирантов и 1 соискатель, из них 18 человек защитили диссертации на соискание ученой степени кандидата наук (~64,2 %). Из этого числа в срок до одного года после окончания аспирантуры защитили диссертации 16 человек (~57 %).В 2008 г. за счет средств федерального бюджета обучалось 17 аспирантов. Велась подготовка кадров высшей квалификации и по прямым договорам с физическими лицами. В их числе 4 аспиранта и 2 соискателя.Научное руководство аспирантами осуществляли 9 докторов наук и 2 кандидата наук, доцента.. Научный отделОтдел издательства учебной литературы и учебно-методических пособий для студентовЛаборатория экологии и биотехнологии 
